En un mundo cubierto por un interminable mar de arena, navega una isla conocida como la Ballena de Barro. En su interior se encuentra una antigua ciudad, donde se dice que la mayoría de sus habitantes son “Marcados”, un rasgo de doble filo que les otorga habilidades sobrenaturales a costa de una muerte prematura. Chakuro es el archivero del pueblo; Joven y curioso, dedica su tiempo a documentar el descubrimiento de islas recién descubiertas. Pero cada uno es como el resto: abandonado, salvo los restos de quienes vivieron allí hace mucho tiempo.
Por primera vez en seis meses, otra isla cruza el horizonte, por lo que Chakuro y sus amigos se unen al grupo de exploración. Durante la expedición encuentran vestigios de una civilización arcaica. Y dentro de uno de sus restos en ruinas, Chakuro descubre a una chica que cambiará su destino y el mundo dentro de Mud Whale tal como él lo conoce.