Debido al increíble éxito del Sistema Sibyl, Japón ha comenzado a exportar la tecnología a otros países con la esperanza de que algún día se utilice en todo el mundo. Para probar su eficacia en un lugar extranjero, el estado desgarrado por la guerra de la Unión del Sudeste Asiático (SEAUn) decide implementar el sistema, con la esperanza de traer paz y estabilidad a la ciudad de Shambala Float y mantener a la población bajo control.
Sin embargo, un grupo de terroristas anti-Sibyl llega a Japón, y la Oficina de Seguridad Pública del Ministerio de Bienestar descubre evidencia significativa de que los invasores están siendo ayudados por Shinya Kougami, un ex Ejecutor que se volvió rebelde. Debido a su relación pasada, Akane Tsunemori es enviada a SEAUn para traerlo de vuelta, pero como su último encuentro ocurrió hace años, su reunión podría no salir como estaba planeado.