Estamos en el año 2045 y la inteligencia artificial ha experimentado un gran desarrollo. Los gobiernos los usan como armas, participando en guerras interminables para sostener sus economías. El grupo mercenario GHOST, encabezado por Major Motoko Kusanagi, no es ajeno a este paisaje. Sin embargo, la rápida innovación de esta tecnología hace que una nueva amenaza se acerque en el horizonte.
Habiendo dejado la Sección de Seguridad Pública 9, Kusanagi y su grupo están involucrados en muchas operaciones en todo el mundo relacionadas con estas guerras de poder. Pero un trabajo aparentemente simple de localizar a un traficante de armas arrastra a GHOST a un conflicto oculto contra individuos mejorados cibernéticamente, que inexplicablemente han adquirido una inteligencia y habilidades físicas extremas. Apodados “posthumanos”, su aparición desencadena una cadena de eventos que conducen a la reunión de la Sección 9. Armada con una nueva misión, depende de Kusanagi y su equipo restablecido evitar el caos global a manos de estos posthumanos. .