Winter 2006

La historia transcurre en una ciudad llamada Romdeau, construida para proteger a sus habitantes del ambiente devastador en el cual el planeta Tierra ha caído. Allí, los hombres (considerados “ciudadanos modelo”) y AutoReivs, conviven en paz bajo un sistema completamente administrativo. Tal utopía se ve afectada por una serie de asesinatos cometidos por AutoReivs fuera de control infectados con el virus Cogito, lo cual pone en peligro el delicado equilibrio del orden social; mientras tanto, tras bastidores, el gobierno dirige experimentos ocultos de una forma humanoide llamada Proxy, la cual se cree que tiene la llave para la supervivencia de la especie humana

Shirō Emiya perdió a su familia hace diez años en un enorme incendio que consumió gran parte de la ciudad de Fuyuki. Atrapado entre las llamas, se da por vencido y acepta su propia muerte, pero un enigmático hombre lo encuentra y lo ayuda. Este hombre, Kiritsugu Emiya, lo adopta y le revela su identidad como mago. Kiritsugu también le cuenta a Shirō su sueño fallido de ser un héroe justiciero. Por petición del niño, Kiritsugu intenta enseñarle magia, pero Shirō encuentra dificultad incluso en los hechizos fundamentales. Por eso, después de la muerte de Kiritsugu, Shirō se encuentra terriblemente frustrado, sintiéndose incapaz de cumplir los designios de su padre con la justicia.